В 1777 году главнокомандующий Азовской флотилией и Таганрогским портом контр-адмирал Федот Клокачёв ходатайствовал перед архиепископом Славянским и Херсонским Евгением (Вулгарисом) позволить постройку храма во имя святителя Николая в «морских кварталах» Таганрога.
В 1778 году церковь была уже освящена, а вскоре он был определён как соборный до постройки Успенского собора. Первым настоятелем был назначен священник Воронежской епархии Исидор Ляхницкий. По легенде, место для храма было выбрано в том самом месте, где стояла палатка Петра Первого, когда он в первый раз прибыл на Таганий Рог и делал в море промеры. Храм был построен моряками, а прихожанами его были преимущественно рыбаки.
В 1844 году была установлена новая деревянная колокольня. В 1865 году староста храма Смирнов ходатайствовал перед городским управлением о безвозмездном выделении земли для постройки дома, в котором помещалась бы школа и квартира причта.
В 1845 году к храму была пристроена 3-ярусная кирпичная колокольня и благоустроена прилегающая территория. Позже к приделу пристроили трапезную. В архитектурно-художественном отношении здание нынче представляет собой типичную приходскую церковь, выстроенную по классическим канонам. Колокольня и трапезная выполнены с деталями в стиле ампир.
22 мая 1855 года во время Крымской войны 1855—1856 годов Таганрог подвёргся артиллерийскому обстрелу, о чём остались свидетельства в виде застрявших бомб в северной стене Свято-Никольского храма.
В 1941 году во время Великой Отечественной войны деревянная часть церкви полностью сгорела. В 1957 году верхние ярусы колокольни были взорваны.
При государственном финансировании церковь была восстановлена в 1990-х годах стараниями настоятеля Александра Клюнкова и при содействии старосты Анны Сысуевой по проекту «Спецреставрации».
Херсонесский туманный колокол
Херсонесский колокол весит 351 пуд (5616 кг)[3]. По другим данным вес колокола — около 150 пудов (2450 кг)[4].
На колоколе едва различима надпись вязью, текст сохранился не полностью:
«Сей колокол… вылит… Святого Николая Чудотворца в Таганро… из турецкой артиллерии весом… пудов 1778 года месяца августа… числа»[2]
Табличка на одном из пилонов колокола сегодня гласит:
«Колокол отлит в Таганроге в 1778 году из турецких пушек, взятых в качестве трофея. На нём изображены покровители моряков — св. Николай и св. Фока. После Крымской войны был вывезен в Париж, где и находился до 1913 г. Во время непогоды использовался как сигнальный колокол.»
В 1803 году, по указу императора Александра I, колокол был отправлен в Севастополь и предназначался для строящейся церкви Святого Николая. После Крымской войны 1853—1856 годов союзные войска Англии и Франции вывезли колокол из Севастополя в числе трофеев[3].
В 1913 году русский колокол был обнаружен висящим в знаменитом соборе Парижской Богоматери, причём, похоже, уже никто не помнил, как он там оказался[3]. Об этом стало известно французскому вице-консулу в Севастополе Л. А. Ге, который предложил вернуть колокол[5]. Приближалась первая мировая война, Франция была кровно заинтересована в укреплении союза с Россией, и 23 ноября (6 декабря) «колокол-пленник» прибыл в Севастополь и был поднят на звонницу Херсонесского монастыря (не сохранилась, находилась рядом с Владимирским собором)[3]. В письме к Л. А. Ге президент Франции Р. Пуанкаре написал, что он возвращает колокол России в «знак союза и дружбы». Русское правительство в свою очередь наградило французского консула орденом св. Владимира 4-й степени[3].
Возвращение колокола состоялось 23 ноября 1913 года при большом стечении народа и сопровождалось торжественным Крестным ходом. В деле о возвращении колокола из Франции имеется его подробное описание, где говорится, что колокол «имеет изображения: на одной стороне — св. Николая, а на другой — неизвестного святого, стоящего на луне»[6]. Также в этих документах приводится текст надписи на колоколе, который уже в то время был частично утрачен: «Сей колокол… вылит… святого Николая Чудотворца в Таганро (в Таганроге). Из турецкой артиллерии весом… пуд 1776 года месяца августа… числа»[6].
Не все исследователи согласны с романтической историей происхождения колокола[7]. Согласно архивным данным, он был отлит примерно в 1890 году, незадолго перед завершением строительства собора. Своё место на берегу моря он занял в 1925 году, когда монастырские здания и собор превратились в служебные и выставочные помещения созданного в том же году музея, а колокол был превращён в звуковой маяк[en]. После Великой Отечественной войны, когда гражданские суда начали массово оснащать радиолокаторами, маячные обязанности с Херсонесского колокола были сняты, и он превратился в ещё один памятник истории города Севастополя.
В 1960-х годах колокол лишили языка[8]. Вновь он смог зазвучать лишь 5 мая 2002 года, во время первой Пасхальной службы в восстановленном Владимирском соборе[8]. В конце 2000-х язык колокола был заперт замком, чтобы туристы не звонили колоколом. Также на одном из пилонов находится табличка с просьбой не бросать камни в колокол.
В 2015 году по инициативе таганрогской компании «Лемакс» для изготовления точной копии колокола группа специалистов выехала в Херсонес, где произвела обмеры и копирование поверхностей колокола для изготовления литейной модели[11]. Также были взяты образцы бронзы для химического анализа[11]. Летом 2016 года копия колокола должна была прибыть в Таганрог[11].
Передача колокола Таганрогу состоялась 11 июня 2016 года в рамках празднования общецерковного прославления святого праведного Павла Таганрогского[12]. Колокол освятил митрополит Ростовский и Новочеркасский Меркурий[12].